Beuys werd geboren in het ziekenhuis te Krefeld en groeide op in Kleef en Rindern. Hij volgde het gymnasium in Kleef en viel al vroeg op als een getalenteerd persoon. Een voorbeeld hiervan was zijn goede pianospel. Een van zijn favoriete componisten was Erik Satie. In 1936 werd hij lid van de Hitlerjugend. Van 1938 tot 1941 speelde hij aan het gymnasium cello in een orkest van de Hitlerjugend. In 1939 sloot hij zich bij een circus aan, waarin hij een jaar lang werkzaamheden verrichtte als dierenverzorger en circusborddrager. Alhoewel Beuys al vroeg interesse had voor kunst, besloot hij medicijnen te gaan studeren. De uitbraak van de Tweede Wereldoorlog doorkruiste dit plan. Met Pasen 1941 deed hij gymnasiumexamen, hierna meldde hij zich vrijwillig bij de Luftwaffe.