Deze sequel van Final Fantasy VII is niet je alledaagse Final Fantasy. Dit game is namelijk geen RPG maar een third person shooter. Je speelt deze keer ook niet met Cloud maar met Vincent Valentine. Het verhaal van Vincent vertelt over zijn vader Grimoire Valentine die werkte aan een thesis over Chaos maar stierf tijdens het onderzoek.

Drie jaar na de gebeurtenissen van FFVII ontpopt er een nieuwe groep van supernatuurlijke soldaten die gekend zijn als de "Deepground." Ze brengen snel een einde aan derust en vrede die in het land heersten. Hun doel is het gebruik van Omega, het ultieme wapen. Er is slechts één probleem, het wapen ontwaakt enkel wanneer er een grote catastrofe gebeurt. Weiss, leider van de soldaten, wilt een Meteor Spell gebruiken omOmega los te laten op de wereld. Stop Omega met Chaos en Vincent Valentine en vermoord Weiss voor het te laat is.