Phantasy Star Universe is een actie role-playing titel die zal bestaan uit zowel een off- als online gedeelte. Het offline gedeelte speel je als de jonge Ethan Waber, een 17 jarige kadet die te maken krijgt met een episch verhaal waarin een nieuw en onbekend buitenaards genaamd The Seed de hoofdrol speelt.

In het begin van het spel zal Ethan zijn eigen zusje van deze aliens moeten redden. Wat hem gelijk een erg goede reden geeft om verder uit te zoeken waaarom deze wezens er eigenlijk zijn.