Zoo Hospital laat je meer dan veertig verschillende soorten vogels, zoogdieren en reptielen onderzoeken en verzorgen in een wereldberoemde dierentuin. In de game begin je met tien wilde diersoorten, waaronder: jaguars, zebra's, chimpansees, panda's, hyena's, kangoeroes, leeuwen, adelaars, cobra's en de met uitsterven bedreigde fretkat. Deze moet je identificeren en hun kwaaltjes verzorgen.

Door het gebruik van de touchscreen en de stylus kun je medische minigames spelen. Zo moet je injecties geven, zalf uitsmeren, pleisters plakken, tanden uittrekken, röntgenfoto's maken en nog veel meer. Stap voor stap wordt er uitgelegd hoe je verschillende ziektes en kwaaltjes kunt behandelen. Een coöperatieve modus voor twee spelers laat je samen met een vriend een dier verzorgen.