LEGO Star Wars III: The Clone Wars is een avontuurlijke actiegame waarin het verhaal van de animatieserie Star Wars: The Clone Wars met een knipoog wordt verteld, in een uniek vrolijk LEGO-sausje. Net als in de andere LEGO-games speel je elk level met twee personages waartussen vrij gewisseld kan worden. Ook is het mogelijk om de game met zijn tweeën door te spelen in de multiplayermodus.

Elk personage heeft zijn of haar eigen specialiteiten, zo kan een Jedi-ridder vechten met zijn lichtzwaard en gebruik maken van speciale krachten, terwijl anderen juist met lasergeweren kunnen schieten. Voor het eerst kunnen spelers ook hele bataljons aan kloontroepen aanvoeren, basissen bouwen, voertuigen laten uitrijden en versterking inroepen.