Flotilla biedt twee verschillende en met elkaar verweven speltypen, waarin je je tegenstanders probeert te overtreffen door welvaart te brengen in het nieuwe thuis van de mensheid. Je begint het spel als een 'Sinkside'-vlootcommandant, in opdracht van wereldleiders om het nieuwe gezicht van de oceaan te verkennen, de diepten af ​​te speuren naar hulpbronnen en alle overlevenden die je tegenkomt te redden. Op elk moment in het spel kun je ervoor kiezen om "Skyside" te worden door je skiffs te verkopen en je zeevarende leven achter je te laten om nu de Flotilla zelf te laten groeien.

De componenten in Flotilla zijn uniek, meeslepend en onderling verbonden. Je skiffs kunnen maximaal vier grondstofvaten dragen en hebben een unieke vorm voor elke spelerskleur. Artefact-tokens worden in bijpassende ruimtes in een dubbellaags hub-bord geplaatst en kunst op de oceaantegels vormt een rij om elke keer dat je speelt een unieke lay-out voor je groeiende Flotilla te creëren. In Flotilla vind je een aanzienlijke strategische diepte en variatie, terwijl je spelers de vrijheid om hun eigen verhaal te vertellen. Bouw je de Flotilla door als eerste naar Skyside te gaan, of blijf je de hele game in Sinkside en word je de machtigste zeevaarder van allemaal?