Enigma: Beyond Code is een deductie spel. De overwinning hangt af van je vermogen om de motieven van andere spelers te begrijpen en de kaarten te vinden die je nodig hebt - terwijl je anderen weghoudt van de kaarten waarnaar ze op zoek zijn. Elk spel duurt 5-10 minuten en het is het beste om Enigma: Beyond Code tot drie overwinningen te spelen.

In het begin ontvangt elke speler een personagekaart met daarop een cryptologie-expert die is aangekomen bij het huis van de Agency om de Enigma-code te kraken. Maar slechts één van hen is de echte decrypter; de anderen doen zich gewoon meesterlijk voor als cryptologen. Elk van hen heeft een unieke geheime missie. Om de missies van hun personages te volbrengen, bekijken de spelers om beurten landhuiskaarten; elk van deze kaarten vertegenwoordigt een kamer of een object in het landhuis. De uitgenodigde experts werken als een team, wat betekent dat wanneer je naar een landhuiskaart kijkt, je anderen moet vertellen wat er is. Je kunt liegen of de waarheid vertellen - dat hangt af van je doelen. Liegen is altijd een risico, terwijl het vertellen van de waarheid je tegenstanders kan laten winnen.

De speler die als eerste de missie van zijn personage volbrengt, wint het spel. Als niemand dit doet binnen de tijdslimiet van het spel, breekt er chaos uit in onze wereld en verliezen alle spelers!